Desde su creación, la UNSAM concibió un conjunto de carreras con alta especialización científico – tecnológica para satisfacer necesidades de capacitación, aprovechando la invalorable experiencia de recursos humanos disponibles en su entorno y su ubicación geográfica en medio de la mayor concentración de PYMES industriales del país. Por acuerdo entre la UNSAM y el INTl nació en 1995 el INCALIN, siguiendo el modelo de los Institutos Balseiro (CNEA – UNCUYO) y Sábato (CNEA – UNSAM). El INTI se comprometió a facilitar sus instalaciones en línea con los requerimientos educativos de las actividades en desarrollo y a desarrollar por el INCALIN.
En 1994 tuvo lugar la creación del Sistema Nacional de Normas, Calidad y Certificación en el ámbito de la Secretaría de Industria, para atender los requerimientos del nuevo paradigma de la Calidad. Al año siguiente se decidió crear el INCALIN como brazo universitario del Estado para dar respuestas al cambio de paradigma. Una verdadera Facultad de la Calidad Industrial como Unidad Académica de la UNSAM, operando con la infraestructura de laboratorios y recursos humanos del INTI.
La carrera inicial fue la Especialización y Maestría en Calidad Industrial, con base en los pilares del Aseguramiento de la Calidad (Metrología, Normas y Ensayos Industriales), complementada con una enseñanza de Gestión de la Calidad bajo licencia de la Asociación Alemana para la Calidad, armonizada en Europa. Luego se consolida y amplía la oferta educativa con una nueva Especialización de Calidad Industrial en Alimentos (desde 2001), Diplomatura para técnicos en Calidad con orientación en Metrología (desde 2002) y Diplomatura en Gestión Integral de los Procesos, Especialización en Tecnología y Gestión de la Seguridad contra Incendios en la Edificación (desde 2009). En el año 2010 egresa el alumno Número 1000. Ese hito ofrece una idea del impacto que tuvo en el medio la actividad del INCALIN, contribuyendo a formar recursos humanos a nivel gerencial y técnico, mayormente para las empresas industriales, así como también para diversas instituciones como INTI, INTA, SENASA, ANMAT, INAL, Malbrán, Organismo Argentino de Acreditación, otras Universidades, etc. En 2010 se inicia la carrera de Ingeniería Industrial con orientación en Calidad Industrial. En 2014 se aprueba la carrera de Ingeniería en Alimentos. En 2016 se crea el Doctorado en Calidad e Innovación Industrial, apoyado desde 2018 con becas financiadas por el INTI.
